啤酒酵母水解受水解溫度、PH、反應時間等因素的影響，而木瓜蛋白酶是一種在酸性、中性、堿性環境下均能分解蛋白質的蛋白酶，而且耐熱性強，在90℃時也不會完全失活。啤酒酵母水解過程中，啤酒酵母還在正常的代謝。雙乙酰是啤酒酵母的正常代謝產物，雙乙酰過量會導致啤酒酵母液產生“餿飯味”，導致啤酒酵母液風味改變。經研究表明，木瓜蛋白酶能有效的促進雙乙酰的分解，從而保持啤酒酵母液雙乙酰的平衡，保持其風味不變。