酶解法成為應用最廣泛、最成熟的制備工藝。酶解法主要是利用各種蛋白酶將核桃蛋白水解產生多肽，常用的酶主要有中性蛋白酶、堿性蛋白酶、風味蛋白酶、木瓜蛋白酶、胰酶。通過酶解得到小分子的肽類物質。然后，通過過濾、濃縮、干燥等步驟，得到最終的核桃肽產品，使其更容易被人體吸收和利用。