發酵酶解的大豆蛋白分子量較小約1000道爾頓左右，平均分布可以在600～2800D之間，這類蛋白的支鏈性以及有利SH基團數量較多且活躍，容易相互形成凝膠效果，同時發酵過程中產生的多糖等物質，也容易與蛋白肽形成復雜的結構。由于這幾種分子結構復雜性高，相互作用大，在水溶液體系中產生較強的粘性。這對大規模工業生產工藝產生影響，也是大豆蛋白工業化技術的核心問題之一。