大豆肽的生產原料是大豆粕，其中富含粗蛋白質、氨基酸、酸溶蛋白等主要營養成分，以及大豆球蛋白、β-伴大豆球蛋白、胰蛋白酶抑制因子、水蘇糖、棉籽糖等抗營養因子含量；其中球蛋白和糖類物質水溶性不穩定，相對熱穩定性較好，容易形成膠體或乳液，粗蛋白也容易和金屬離子或酸堿離子形成凝結，導致整體大豆粕制備的粗提取物-----大豆肽難過濾。

在使用大豆粕生物酶解技術生產大豆肽的關鍵難題有兩大方向，其一是如何增加大豆蛋白的酶解效率，就是讓大豆蛋白更多的觸碰活性生物酶；其二就是如何增加酶解液的分離效果，即讓各種分子之間更容易相對移動，讓多種物質的成膠體性和交聯性能下降，不再互相糾纏成小分子團。

酶解產物的大豆肽液，需要控制pH值和體系穩定性，以便在后續過濾過程中使大豆肽難過濾這個問題得到最佳解決效果。同時，大豆蛋白酶解后產生不同分子段的肽鏈，其中大部分都具有多個分支，容易形成耦合或通過分子鍵連接成較大的松散結構，因此在分離和過濾的時候容易堵塞濾孔或濾材，通過超濾膜選擇性分子量分離膜時也容易形成堵塞。

       針對上述情況可以通過復合酶解技術對不同的蛋白分子、多糖分子、粗纖維等進行酶切形成二維小分子結構最大程度避免三維結構造成的交聯產生，以降低大豆肽液的粘度，同時提高其過濾效果；同時，我們可以采用不同孔徑的多級過濾方式，最后采用3個截留尺度的分子超濾膜進行產品的純化分離。

復合酶解技術的運用可以大大提高生產過程中的過濾效率，同時可以進行大豆肽產品的精細化加工，產生抗氧化、抗炎癥等特殊功能的專屬肽產品。目前完全掌握該項技術的國內企業較少，屬于比較高端的精密生化生產技術。

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